A necessidade de desenvolver uma ferramenta rápida e eficiente para a captura e edição de animações surgiu junto com o nascimento do Festival Anima Mundi, que desde sua primeira edição em 1993 promove oficinas de animação gratuitas voltadas para o público, com o nome de Estúdio Aberto. Nestas oficinas sempre se evidenciou a necessidade de uma solução de captura e edição que preservasse o caráter lúdico e a rapidez do processo, já que as animações produzidas precisavam ser imediatamente assistidas pelo público.

Com o surgimento do Anima Escola, um programa de cursos e oficinas de animação elaborado especialmente para professores e alunos da rede escolar, tornou-se necessária uma tecnologia acessível para que as escolas pudessem colocar em prática os aprendizados adquiridos durante o projeto.

A partir do contato com a IBM surgiu uma parceria com o intuito de criar um software livre e gratuito. Anima Mundi e IBM procuraram, então, um terceiro parceiro, o IMPA (Instituto de Matemática Pura e Aplicada), para desenvolver esse software a partir da demanda observada durante anos no Festival Anima Mundi e também no Projeto Anima Escola. Ambos os projetos serviram de campo de pesquisa e testes para o MUAN, que começou a ser desenvolvido na plataforma Linux em 2002. Ao longo dos anos o software foi aprimorado e novas versões foram disponibilizadas. Em 2012 foram lançadas também as versões para Windows e Macintosh, respondendo a uma demanda crescente dos usuários do MUAN.