La necesidad de desarrollar una herramienta rápida y eficiente para la captura y edición de animaciones surgió junto con el nacimiento del Festival Anima Mundi, que desde su primera edición en 1993 promueve talleres de animación gratuitos vueltos al público, con el nombre de Estudio Abierto. En estos talleres siempre quedo evidente la necesidad de una solución de captura y edición que preservara el carácter lúdico y la rapidez del proceso, ya que las animacines producidas necesitaban ser vistas inmediatamente por el público.

Con el surgimiento del Anima Escola, un programa de cursos y talleres de animación elaborado especialmente para profesores y alumnos de la red escolar, se hizo necesario una tecnología accesible para que las escuelas pudieran colocar en práctica el aprendizaje adquirido durante el proyecto.

A partir del contacto con IBM surgió una colaboración con el intuito de crear un software libre y gratuito. Anima Mundi y IBM buscaron entonces a un tercer colaborador, el IMPA (Instituto de Matemática Pura y Aplicada), para desarrollar este software a partir de la demanda observada durante años en el Festival Anima Mundi y también en el Proyecto Anima Escola. Ambos proyectos sirvieron de campo de pesquisa y tests para el MUAN, que comenzó a ser desarrollado en la plataforma Linux en 2002. A lo largo de los años el software fue mejorado y nuevas versiones quedaron disponibles. En 2012 fueron lanzadas también las versiones para Windows y Macintosh, respondiendo a una demanda creciente de los usuarios del MUAN.